为了防范中国潜艇的攻击，日本人在海峡内的水下密布着许多人为的沉船和其它水下障碍物。根据出发之前搜集到的情报显示，采用通过海峡的路线进入是极其困难的，几乎难以渗透进去。而此时的“飞鱼9”号潜艇正是沿着这条航线向前航行。午夜12点27分，肖永林在作战日记中写道：我们已经进入佐世保湾。
“飞鱼9”号潜艇改为沿着大陆海岸继续向前航行，途中发现了几艘静静停靠在岸边的运输船，肖永林对此不屑一顾。突然，潜艇前方出现了一艘船只巨大的黑影。